美国和挪威的科学家调查显示怀孕期间喝咖啡会增加婴儿唇裂或腭裂的机率。咖啡因会通过胎盘影响胎儿的心率和呼吸，所以孕期应控制咖啡因的摄入量，每天最多摄入300毫克的咖啡因(一杯8盎司的咖啡含有约150毫克咖啡因，一杯12盎司的苏达水含约35-50毫克咖啡因，一杯8盎司的红茶含有约40毫克咖啡因)。
在怀孕前三个月每天摄入三杯咖啡的孕妇，其胎儿患先天性唇裂的概率要比不喝咖啡的孕妇高1.39倍，而每天摄入超过三杯咖啡的孕妇，胎儿的发病率会增加1.59倍。
医生表示，咖啡因并不是增加婴儿先天性唇裂疾病发生的原因，在孕期喝茶的孕妇，其胎儿的发病率并不高。研究者认为，喝咖啡导致胎儿发病是因为大多数喝咖啡的孕妇同时是吸烟者。
专家声称咖啡因有可能损害子宫内胎儿的DNA，使得胎儿易患白血病这一儿童中最常见的癌症。
儿童先天性唇裂的发病率较低，在600-800健康儿童中，会有一例有唇裂病症。医生建议准备怀孕和已经怀孕的女性应当注重自己的生活方式，戒烟并注意饮食。
【知识扩充】喝咖啡对胎儿的影响
一杯咖啡中大约含有100～150毫克咖啡因。咖啡因对胎儿的确有影响，包括有：自发性流产、初生体重过轻、心率不整等。 国外资料认为，咖啡因有造成胎儿指趾畸形、腭裂和其他畸形的危险。妇女在妊娠期每天喝8杯以上咖啡或茶， 和婴儿的先天性畸形有密切关系。尽管其致畸作用尚有待证实，但为了未来孩子的健康，孕妇最好不要喝咖啡，也不宜喝浓茶。
1980年，美国食品及药物管理局(FDA)曾发表声明，建议己经怀孕或可能怀孕的妇女减少咖啡因的摄取；但是之后的许多研究结果均表示，没有证据可以显示适量的咖啡因会对胎儿造成不利的影响，也没有医学报告禁止孕妇喝咖啡，但是FDA并没有改变原先的忠告，因为孕妇在怀孕的第二和第三期，代谢咖啡因的速度大约会比未怀孕时快两倍，而且，咖啡因还会越过胎盘进入胎儿，亦会透过母乳的哺育流入婴儿体内，因此建议孕妇和产妇对咖啡因的摄取愈谨慎愈好。
咖啡所含的咖啡因对胎儿的影响不是绝对的，要到剂量很大时才会发生，也就是说伤害与否和所喝的量有密切关系；有报告指出：一天喝6~8杯的咖啡增加流产的机会；也曾有一天咖啡因摄取超过150毫克而导致怀孕初期流产，如果一天摄入超过300~450毫克咖啡因则会发生胎儿体重过轻的危险，如果同时又抽烟又喝咖啡发病机会更是大增。